MATLAB Answers

0

4次元分布における複数重心点座標の取得について

Asked by ryo tanaka on 17 Oct 2019
Latest activity Commented on by Kenta Itakura on 21 Oct 2019 at 10:57
添付図のように4次元分布を作成しました。
4次元分布上に5個の丸い分布があります。
この5個の分布それぞれの重心点を取得したいです。
分布上から1点の重心座標は下記のコードで取得できると思いますが、1つの分布上から任意の個数だけ重心点を取得する方法がありましたら
教えて頂きたいです。
v = squeeze(v);
BW = true(size(v));
W = regionprops3(BW,v,'WeightedCentroid');
WC = W{1,{'WeightedCentroid'}};
1.jpg

  9 Comments

Kenta Itakura on 18 Oct 2019 at 8:46
詳しく教えていただき、ありがとうございます。
ご自身の質問欄のINSERTの上にマウスを置けば、attachmentsと出るはずで、そこをクリックすればできると思いました。そこでエラーが出てしまうのでは少し厳しいですね。
もう少し試して難しければスタッフの方に連絡すれば良いと思います。
ryo tanaka on 18 Oct 2019 at 9:10
attachmentsをクリックしファイルを選択してもやはりエラーが出てきてしまいます。。
スタッフの方にご連絡したいと思います。
a.png
ryo tanaka on 19 Oct 2019 at 6:21
すみません、遅くなりました。
ようやくファイルを添付できましたので、お送りいたします。

Sign in to comment.

1 Answer

Answer by Kenta Itakura on 19 Oct 2019 at 7:56
 Accepted Answer

こんにちは。データを送っていただきありがとうございます。
X,Y,Z,vとありますが、X-Zは、vのボクセル座標を定めるためのグリッドで、それぞれのグリッド内の値が
そのX(やY・Z)座標に対応している、そして、vが実際にそのプロットの持つ強度である、ということでしょうか。
コメントにて、コードも添付いただきありがとうございました。申し訳ございませんが、こちらで改めてコードを書きました。
質問者様は、上のようにボクセルを定義して、各重心を求める方針だったと読み取りましたが、
下では、ポイントクラウドで処理しています。下のように書けば重心を求めるまでかなり短く書くことができます。
重心は一般的な3D上でのものを計算しています。本来はこの過程でvの強度を利用して、重みつきの重心を定義するのですかね?また、4次元、というキーワードがありますが、これを4D画像としてとらえるなら、vの値を利用せず重心を求めているのでもう少し変更する必要があるとは思います。適宜変更いただければと思います。
詳細は適宜コード内のコメントをご参照ください。よろしくお願いいたします。
clear;clc;close all
% data loading
load V.mat
% find out the points with non-zero intensity
idx=find(v~=0);
% extract the XYZ coordinate
[subx, suby, subz]=ind2sub(size(v),idx);
% acquire the intensity, it was not used, though
int = v(idx);
% convert the xyz into pointcloud variable
ptCloud=pointCloud([subx, suby, subz]);
% figure;pcshow(ptCloud,'MarkerSize',50)
% closest pair of points whose euclidean distance is less than "minDistance"
% was assigned into the same cluster
minDistance = 3;
[labels,numClusters] = pcsegdist(ptCloud,minDistance);
% note that each cluster could be segmented based on the distance
figure;pcshow(ptCloud.Location,labels+1,'MarkerSize',50)
colormap([hsv(numClusters);[0 0 0]])
title('Segmented Cloud Clusters');hold on
% the centroid of each cluster was caclulated and plotted on the 3D space
% note that any weighting based on the intensity was not applied
s = countcats(categorical(labels));
[~, c_label] = sort(s,'descend');
for i=1:5
roi_idx=find(labels==c_label(i));
roi = ptCloud.Location(roi_idx,:);
xyz=mean(roi,1);
plot3(xyz(1),xyz(2),xyz(3),'o','MarkerSize',20,'MarkerFaceColor','w');hold on
end
result.PNG

  6 Comments

Kenta Itakura on 20 Oct 2019 at 9:35
こんばんは、ご丁寧に返信ありがとうございます。
重心点を得られたとのことでよかったです。
>>できれば強度の値から重心位置を取得したいと思いますので、最後の重心位置を求めるコー>>ド部分を変更しないといけませんね
はい、そうですね。またいろいろと試したうえで不明点があれば新たに質問いただければと思います。
>>labels+1と[0 0 0]がどういった意味をしめしているのかわからない
詳しく目を通していただきありがとうございます。特に両者とも特に意味はありません。
labelsの値が1以上になってほしかったので、こうしましたが、labelsはすべて1以上の値が入っています。特に意図せず書いていました。
[0 0 0]のほうですが、[0 0 0]だけ独立してあるのではなくて、
hsv(numclusters)と縦方向に積み重ねています。; マークが縦に積むということを意味しています。つまり、カラーマップの終点を[0 0 0](黒)にしています。こうするとFigure中の点の色が一部変更されます。特に大きな意味はないです。下で、ほかのいろのパターンも探せます。
ryo tanaka on 21 Oct 2019 at 1:13
ご返信ありがとうございます。
>はい、そうですね。またいろいろと試したうえで不明点があれば新たに質問いただければ
>と思います。
ありがとうございます。とても助かります。
質問に回答していただきありがとうございます。
2つとも特に気にすることはないようで安心しました。
また、何か不明な点がありましたら、ご連絡させて頂きます。
Kenta Itakura on 21 Oct 2019 at 10:57
はい、承知いたしました。解決してよかったです。

Sign in to comment.