>右側の画像を左側の画像に重ねて抜き出したいのですがどうしたらよいのでしょうか
左側の白黒画像がマスクだと思いますが、これを０と１の行列にし、カラー画像と型とサイズを合せます。
このマスクと画像を要素毎に掛け算すれば、マスクの黒(0)に重なる画像が消去され黒く(値が0に)なります。
imgL = rgb2gray(imread('image_left.bmp')) > 127; % 0-255なのでFalse/Trueのマスクにする
imgR = imread('image_right.bmp');
masked_imgR = imgR .* uint8(repmat(imgL,[1 1 3])); % 元画像とマスクのANDを取る
montage({imgL, imgR, masked_imgR},'Size', [1 3], 'BorderSize', [10 10], 'BackgroundColor', 'white');
