Base line removal for Raman input

i run this code, read txt file , get plot about the Raman spectrum, second about the baseline removal.

The first plot is perfect , at the second plot the variable p doesn't get a value, only Nah. i don't know why

Code:

T1 = readtable('20ul_nicotine_10mg_per_ml_20ul_AgNPs_45sx1.txt','PreserveVariableNames',true);

x = T1{:,4};

y = T1{:,8};

figure

plot(x,y)

grid

TF = islocalmin(y, 'MinProminence',15, 'MinSeparation',60);

hold on

plot(x(TF), y(TF), '.r')

hold off

xlim([175 3303])

legend('Signal','Points Used To Identify Baseline Trend', 'Location','best')

title('XRD Spectrum With Identified Baseline')

p = polyfit(x(TF), y(TF),4);

BL = polyval(p, x);

figure

plot(x, y-BL)

%xlim([175 3303])

grid

title('Baseline-Detrended Signal')

Answer 1

[Star Strider]

One problem is that there are a lot of missing data in the chosen variables, so it was necessary to remove them first in order to process the signal.

Try this —

T1 = readtable('https://www.mathworks.com/matlabcentral/answers/uploaded_files/830055/20ul_nicotine_10mg_per_ml_20ul_AgNPs_45sx1.txt','PreserveVariableNames',true)

T1 = 2048×23 table
    Pixel    Wavelength    Wavenumber    Raman Shift    Dark    Reference    Raw data #1    Dark Subtracted #1    %TR #1    Absorbance #1    Raw data #2    Dark Subtracted #2    %TR #2    Absorbance #2    Raw data #3    Dark Subtracted #3    %TR #3    Absorbance #3    Lamp FitCurve    Irradiance Ratio    Irradiance_1(uW/cm^2/nm)    Irradiance_2(uW/cm^2/nm)    Irradiance_3(uW/cm^2/nm)
    _____    __________    __________    ___________    ____    _________    ___________    __________________    ______    _____________    ___________    __________________    ______    _____________    ___________    __________________    ______    _____________    _____________    ________________    ________________________    ________________________    ________________________

      0         NaN           NaN            NaN        2294      65535         10971             8721.7           NaN           NaN            10971             8721.7           NaN           NaN             NaN               NaN             NaN           NaN              NaN               NaN                     NaN                         NaN                         NaN           
      1         NaN           NaN            NaN        1948      65535         13026              11095           NaN           NaN            13026              11095           NaN           NaN             NaN               NaN             NaN           NaN              NaN               NaN                     NaN                         NaN                         NaN           
      2         NaN           NaN            NaN        2039      65535         19181              17226           NaN           NaN            19181              17226           NaN           NaN             NaN               NaN             NaN           NaN              NaN               NaN                     NaN                         NaN                         NaN           
      3         NaN           NaN            NaN        1022      65535         33340              32284           NaN           NaN            33340              32284           NaN           NaN             NaN               NaN             NaN           NaN              NaN               NaN                     NaN                         NaN                         NaN           
      4         NaN           NaN            NaN        2069      65535         44743              42762           NaN           NaN            44743              42762           NaN           NaN             NaN               NaN             NaN           NaN              NaN               NaN                     NaN                         NaN                         NaN           
      5         NaN           NaN            NaN        2213      65535         39164              36966           NaN           NaN            39164              36966           NaN           NaN             NaN               NaN             NaN           NaN              NaN               NaN                     NaN                         NaN                         NaN           
      6         NaN           NaN            NaN        2877      65535         22028              19264           NaN           NaN            22028              19264           NaN           NaN             NaN               NaN             NaN           NaN              NaN               NaN                     NaN                         NaN                         NaN           
      7         NaN           NaN            NaN        1907      65535          7832               5859           NaN           NaN             7832               5859           NaN           NaN             NaN               NaN             NaN           NaN              NaN               NaN                     NaN                         NaN                         NaN           
      8         NaN           NaN            NaN        1197      65535        2261.7               1083           NaN           NaN           2261.7               1083           NaN           NaN             NaN               NaN             NaN           NaN              NaN               NaN                     NaN                         NaN                         NaN           
      9         NaN           NaN            NaN        2032      65535        2584.3             568.67           NaN           NaN           2584.3             568.67           NaN           NaN             NaN               NaN             NaN           NaN              NaN               NaN                     NaN                         NaN                         NaN           
     10         NaN           NaN            NaN        3600      65535        3986.7                338           NaN           NaN           3986.7                338           NaN           NaN             NaN               NaN             NaN           NaN              NaN               NaN                     NaN                         NaN                         NaN           
     11         NaN           NaN            NaN        2663      65535        2819.7             287.33           NaN           NaN           2819.7             287.33           NaN           NaN             NaN               NaN             NaN           NaN              NaN               NaN                     NaN                         NaN                         NaN           
     12         NaN           NaN            NaN        2884      65535        3110.7             174.67           NaN           NaN           3110.7             174.67           NaN           NaN             NaN               NaN             NaN           NaN              NaN               NaN                     NaN                         NaN                         NaN           
     13         NaN           NaN            NaN         899      65535        1115.3             80.667           NaN           NaN           1115.3             80.667           NaN           NaN             NaN               NaN             NaN           NaN              NaN               NaN                     NaN                         NaN                         NaN           
     14         NaN           NaN            NaN        1117      65535        1154.7             125.33           NaN           NaN           1154.7             125.33           NaN           NaN             NaN               NaN             NaN           NaN              NaN               NaN                     NaN                         NaN                         NaN           
     15         NaN           NaN            NaN        1089      65535        1261.3             58.333           NaN           NaN           1261.3             58.333           NaN           NaN             NaN               NaN             NaN           NaN              NaN               NaN                     NaN                         NaN                         NaN           

% x = T1{:,4};
% y = T1{:,8};

xy = T1{:,[4 8]}                                                                % Get Data (Matrix)

xy = 2048×2

1.0e+04 * NaN 0.8722 NaN 1.1095 NaN 1.7226 NaN 3.2284 NaN 4.2762 NaN 3.6966 NaN 1.9264 NaN 0.5859 NaN 0.1083 NaN 0.0569

xyidx = ~any(ismissing(xy),2);                                                  % Rows To Keep
xy = xy(xyidx,:);                                                               % Re-Defined Variables
x = xy(:,1);
y = xy(:,2);

Fs = 1;
y = highpass(y, 0.01, Fs, 'ImpulseResponse','iir');                             % Remove Wandering Baseline

figure
plot(x,y)
grid
TF = islocalmin(y, 'MinProminence',5, 'MinSeparation',50);
hold on
plot(x(TF), y(TF), '.r')
hold off
xlim([175 3303])
legend('Signal','Points Used To Identify Baseline Trend', 'Location','best')
title('XRD Spectrum With Identified Baseline')

p = polyfit(x(TF), y(TF),3);
BL = polyval(p, x);

figure
plot(x, y-BL)
%xlim([175 3303])
grid
title('Baseline-Detrended Signal')

This is the best I can do with this signal. It requires both highpass filtering and polynomial baseline correction to get a decent result.

I have no idea what this signal is, or what it should look like, so make appropriate changes to produce the desired result. It could be filtered further with a lowpass filter to reduce the high-frequency noise, however since I have no idea what is signal and what is noise, I am reluctant to do that here.

Also, use the re-defined variables in any subsequent analysis, since those are good data with no missing (NaN) values.

.

[Filip Ionela]

thank you so much!!!! is very good, is perfect

[Star Strider]

As always, my pleasure!

Thank you!